数民族和阿拉伯的药材大量输入蒙古后年在元大都和上都分别建立了回，１２９２“回药物院专售阿拉伯药物后来锡林郭勒盟学者关布扎布所写药方一书中”，。《》就收入了印度西藏回汉医使用的药物和验方，，，。
蒙医学理论将病症分为寒热两大类并把药剂疗术饮膳等也分为寒热两大，，，类形成了以寒治热以热治寒的理论体系蒙古医的三根学说指赫依，，。“”：“”气西拉火巴达干土水三种因素赫依具有维持生命活动（），“”（），“”（）。：，类似于中医心的功能保持希拉巴达干两根相对平衡的调节否则会导致病“”。，，变赫依具有以轻涩为主的凉微坚动等六种特性希拉具有产生热量和。、、、、。：调节体温促进消化吸收及营养七精华七要素之成熟等功能类似中医脾胃，（）（功能它以巴达干为自己存在的前提并保持相对平衡的状态否则导致病变）。，，。
希拉具有以热锐为主的轻臭泻湿腻等七种特性巴达干起滋生调节，，，，，。：，体温增强意识延年益寿坚固骨节的作用并以希拉为自己存在的前提保持相，，。，对平衡否则导致病变巴达干具有重寒为主的腻钝软固粘等七种特性，。，，、，。
蒙古医学突出的特点是以阴阳五元学说哲学思想为指导的整体观和对六基症的辨，